Dopo la sua vittoria sui Taira, Yoritomo, capo del clan Minamoto, si proclamò (1192) generalissimo (shogun) creando così una nuova istituzione, lo shogunato, destinata a durare fino al 1867. Egli elesse a capitale la città di Kamakura, 20 km a sud di Yokohama, e dopo aver ripartito le province tra i suoi compagni d’armi instaurò una vera dittatura. Il sorgere di questo nuovo regime non provocò tuttavia la fine del regime imperiale e lo shogunato si incorporò nelle strutture preesistenti. L’imperatore, la sua corte, i suoi ministri continuarono a risiedere a Kyoto, ma la macchina imperiale girava ormai a vuoto. Nell’epoca Kamakura (1192- 1333) si produsse un nuovo frazionamento del potere, questa volta a spese del regime shogunale. Dopo la morte di Yoritomo (1199) i suoi vicari (shikken), del clan Hojo, eliminarono definitivamente i Minamoto, poi si arrogarono il diritto di esercitare il potere derivato, dicevano i nuovi shogun, direttamente da Yoritomo. Gli usurpatori Hojo seppero conservare il potere per oltre un secolo (1200- 1333), che fu un periodo tra i più prosperi della storia giapponese: grazie all’energia di uno di essi, Tokimune, il Giappone riuscì a conservare la sua indipendenza minacciata da due tentativi di invasione mongola nel 1274 e nel 1281. Ma l’enorme sforzo finanziario compiuto nel corso della guerra contro i Mongoli (si erano dovute fortificare le coste dell’arcipelago) aveva rovinato le finanze shogunali, mentre i grandi daimyo (signori feudali) del Sud-Est manifestavano velleità di indipendenza.

La crisi fu risolta nel 1338 da un uomo nuovo, Ashikaga Takauji, che si installò a Kyoto e si proclamò shogun, iniziando il periodo detto Muromachi (1338-1573). Come già i Minamoto, gli Ashikaga si rivelarono incapaci di dare un governo forte al Giappone, preda dei dissensi provocati dalla crescente potenza dei grandi daimyo e dei monasteri buddhisti che disponevano di veri eserciti. La loro autorità fu inoltre gravemente compromessa fin dagli inizi da uno scisma dinastico: Daigo II (Go- Daigo), il legittimo imperatore che aveva privato Takauji del potere, si rifugiò nella fortezza di Yoshino, a sud di Kyoto, di dove poteva mantenere la sua influenza sulle grandi famiglie guerriere, mentre un imperatore rivale, tenuto sotto la stretta sorveglianza degli Ashikaga, teneva corte a Kyoto. Due altri fatti importanti caratterizzarono questo periodo Muromachi: da una parte, lo sviluppo di un ceto di mercanti all’ingrosso, di cambiavalute, di usurai, di trasportatori, che costituì il primo nucleo di una borghesia urbana; dall’altra, i rapporti commerciali con il continente, interrotti dopo i primi fruttuosi contatti del VII sec., ripresero con vigore nei secc. XV e XVI, mentre i primi Occidentali, commercianti e missionari portoghesi e spagnoli, sbarcavano nell’arcipelago a partire dal 1542. I Giapponesi accolsero dapprima con molto favore il cristianesimo (agli inizi del XVII sec. si calcola che i cristiani fra la popolazione ammontassero a circa 300.000), come pure le armi da fuoco e la tecnica militare europee. Verso la metà del XVI sec. l’incapacità degli Ashikaga di governare era divenuta evidente; essi riuscirono a conservare il potere fino al 1573 soltanto perché nessuna personalità di particolare spicco era riuscita ancora a imporsi sui clan; ma nella seconda metà del XVI sec.

tre guerrieri di modesta origine unificarono il Giappone facendolo entrare in una nuova fase storica: Oda Nobunaga, che sottomise le province del centro, depose Yoshiaki, ultimo degli shogun Ashikaga (1573), e risanò le rovine accumulatesi in un secolo di guerra civile; Toyotomi Hideyoshi, figlio di contadini che, raggiunto il potere, completò l’opera di Nobunaga, ma trascinò l’esercito nipponico nella disastrosa avventura di Corea (1598); infine, un piccolo aristocratico di provincia, Iyeyasu, della famiglia Tokugawa, che unificò definitivamente il Giappone, schiacciando i daimyo dissidenti nella battaglia di Sekigahara (1600) e che, proclamandosi shogun, fondò una casata destinata a governare il Giappone per due secoli e mezzo.