Il Giappone si estende in lunghezza per circa 3500 km per una superficie complessiva di 378000 Km. Il territorio comprende 4 Isole maggiori: L’isola di Honshu, che è la più grande, l’isola di Kyushu e quella di Shikoku, formano insieme il nucleo storico e culturale del Giappone. L’isola settentrionale di Hokkaido invece, costituisce una specie di regione esterna. Fra le isole minori vi sono: l’isola di Sado (davanti al lato occidentale di Honshu), l’isola di Awaji (nel Mare Interno fra Shikoku e Kyushu), le isole Amakusa (davanti alla costa occidentale di Kyushu) e l’arcipelago delle Ryu Kyu, tra cui il gruppo Okinawa (fra il Kyushu e Taiwan).

Come l’italia è divisa in regioni e poi in province così il Giappone è diviso in distretti che a loro volte sono divisi in prefetture. Esitono 8 distretti: Chubu, Chugoku, Hokkaido, Kanto, Kinki, Kyushu, Shikoku, Tohoku, a loro volta divisi in 47 prefetture, ed ogni prefettura ha il suo capoluogo.

Il sistema corrente è stato stabilito dal Governo Meiji nel 1871, ed è noto come abolizione del sistema han; nel tentativo di cancellare il feudalesimo infatti, il nuovo governo Meiji che rimpiazzò lo Shogunato Tokugawa abolì centinia di domini feudali o han e al loro posto stabilì un nuovo schema di governi locali basati su prefetture definite geograficamente. Le prefetture rimpiazzarono anche le precedenti province. Inizialmente il noro numero superava 300 ma venne poi ridotto a 47 nel 1888. La Legge delle Autonomie Locali del 1947 diede maggior potere politico alle prefetture e prevedeva governatori localmente eletti.